JR九州は、「九十九島みどり」を運転。運転日は、2015年8月8日(土)~17日(月)、9月19日(土)、20日(日)、22日(火・祝)、23日(水・祝)で、95号が8月8日~13日、9月19日・20日、93号が8月8日・9日・12日・13日、9月19日・20日・22日・23日、91号が8月12日~14日、90・92号が8月14日~17日、9月22日・23日、94号が8月14日~16日、9月22日・23日、96号が8月14日~16日。運転区間は、91号が博多(9:03発)~佐世保(11:14着)、93号が博多(10:05発、8月12日・13日は10:00発)~佐世保(12:07着、8月15日・16日、9月22日・23日は12:17着)、95号が博多(13:02発)~佐世保(15:03着)、90・92・94・96号が佐世保(11:14、12:58、14:52、15:52発)~博多(13:28、15:06、16:49、17:47着)。