JR九州は、「九十九島みどり」を運転。運転日は、2016年4月28日(木)、5月6日(金)~8日(日)で、93・94号が4月28日、5月6日~8日、90・92号が5月6日、91・96号が5月7日、8日。運転区間は、91号が博多(9:09発)~佐世保(11:14着)、93号が博多(10:00発、5月7日・8日は10:05発)~佐世保(12:07着)、90号が佐世保(11:14発)~博多(13:28着)、92号が佐世保(12:58発)~博多(15:06着)、94号が佐世保(14:52発)~博多(16:49着)、96号が佐世保(15:52発)~博多(17:48着)。