JR九州は、「九十九島みどり」を運転。運転日は、93・95号が2016年12月28日(水)~31日(土)、91・94・96号が2017年1月2日(月・祝)、3日(火)、92号が1月2日(月・祝)~4日(水)。運転区間は、91号が博多(9:09発)~佐世保(11:14着)、93号が博多(28日・29日は10:00発、30日・31日は10:05発)~佐世保(12:17着)、95号が博多(13:02発)~佐世保(15:03着)。92号が佐世保(12:58発)~博多(15:06着)、94号が佐世保(14:52発)~博多(16:49着)、96号が佐世保(15:52発)~博多(17:48着)。