JR九州は、特急「九十九島みどり」91号・93号・95号・92号・94号・96号を運転。運転期間は2017年12月28日(木)~2018年1月4日(木)で、運転日は91号が1月1日(月・祝)~4日、93・94・95・96号が2017年12月28日~2018年1月4日、92号が1月1日~4日。運転区間は、91号が博多(9:09発、4日は9:03発)~佐世保(11:14着)、93号が博多(10:05発、12月28・29日、1月4日は10:00発)~佐世保(12:07着)、95号が博多(13:02発)~佐世保(15:03着)、92号が佐世保(12:58発)~博多(15:07着)、94号が佐世保(14:52発)~博多(16:49着)、96号が佐世保(15:51発)~博多(17:48着)。