JRグループは19日と22日、2015年3月14日（土）からの料金制度について発表した。あわせて、「青春18きっぷ」などの企画乗車券について、取り扱いを一部変更することも発表した。
JR東日本では、特急列車における普通車指定席の料金体系に、新たに「事前料金」「車内料金」を設定し、一部の対象列車に適用する。2015年3月14日のダイヤ改正から対象となる列車は、全車指定席の「スワローあかぎ」、「ひたち」、「ときわ」の3つの特急列車。事前料金は、車内料金より260円安く、50キロまでが750円、100キロまでが1000円、150キロまでが1550円、などとなっている。駅などで事前に特急券を購入せずに乗車した場合は、車内料金となる。同社はこの制度の導入にあわせて、座席を指定しない特急券「座席未指定券」も発売する。座席未指定券は、乗車日と区間のみを指定する特急券で、乗車する列車が決まっていなくても、事前料金で特急券を購入できる。座席未指定券を発売するのは、全車指定席の「スワローあかぎ」、「ひたち」、「ときわ」、「成田エクスプレス」。なお、「成田エクスプレス」には事前料金が導入されないため、発売額は、現在の指定席特急料金と同額になる。また、これまで「成田エクスプレス」の満席時に発売されていた「立席特急券」は廃止となる。
新幹線と在来線特急列車とを乗り継ぐ場合の料金割引制度では、上越妙高駅と金沢駅が乗継割引の対象駅に追加される。上越妙高駅で、新潟～上越妙高間の特急「しらゆき」と北陸新幹線に乗り継ぐ場合は、在来線の特急料金が半額になる。ただし、直江津～上越妙高間は、第三セクターのえちごトキめき鉄道の路線となるため、JRの特急料金とは別に210円（割引対象外）が必要。また、金沢駅で、特急「サンダーバード」などの関西、東海、福井方面の特急列車と北陸新幹線に乗り継ぐ場合にも、在来線の特急料金は半額になる。
在来線特急列車を乗り継ぐ場合の料金では、特例が1つ加わる。大阪、京都、福井方面と七尾方面の特急停車駅相互間を利用する場合、通しの料金となる。大阪～和倉温泉間を利用する場合、金沢駅で改札を出なければ、「サンダーバード」の直通列車を利用しても、「サンダーバード」を利用し金沢駅で「能登かがり火」に乗り換えても、同料金となる。なお、金沢～津幡間は、第三セクターのIRいしかわ鉄道の路線となるため、同社の特急料金として別に200円が必要となる。
北陸新幹線並行在来線の第三セクター化に伴い、「青春18きっぷ」など、JRグループの企画乗車券で取り扱いが一部で変わる。青春18きっぷでは、JRから経営分離された路線は原則として利用できなくなる。ただし特例として、氷見線、城端線、七尾線を利用する場合に限って、富山～高岡間と津幡～金沢間の第三セクター路線が乗車できるようになる。なお、第三セクター区間では通過利用に限られ、途中駅での下車はできない。また、飯山線や大糸線などへの利用は特例の対象とはならず、長野～豊野間を含めたその他の区間では、青春18きっぷは利用できない。JR東日本の「週末パス」と「三連休乗車券」では、北陸新幹線の長野～上越妙高間で新たに利用できるようになるほか、えちごトキめき鉄道の一部も利用可能になるなど、3月14日の利用開始分より利用可能線区が変更される。
